Po odpowiednim przygotowaniu badanego odcinka przewodu pokarmowego i ocenie możliwości technicznych dokonania zabiegu, zakłada się i zaciska pętlę na szypule polipa, następnie przepala się szypułę, przepuszczając przez pętlę prąd elektryczny.
W NZOZ Gastrolog używamy sterylnych, jednorazowych pętli do polipektomii.
Następnie wyjmuje się polipa i przesyła do oceny mikroskopowej. Możliwe jest również stopniowe odpalanie główki, zwłaszcza większego polipa, techniką "kęsową". Należy podkreślić, że zabiegi te są niebolesne. W niektórych przypadkach, przy bardzo dużych rozmiarach polipa, bądź przy grubej szypule, nie udaje się wykonać polipektomii endoskopowej i trzeba wówczas wyciąć go metodą chirurgiczną poprzez otwarcie jamy brzusznej.