Badanie wykonuje się po dokładnym oczyszczeniu jelita grubego doustnie przyjmowanymi lekami przeczyszczającymi.
Idealnie wyczyszczone jelito daje szansę precyzyjnej oceny śluzówki w trakcie kolonoskopii.
Przygotowanie rozpoczyna się w przeddzień zabiegu. Tego dnia chory musi powstrzymać się od jedzenia i ograniczyć picie innych płynów, niż służące do oczyszczania jelita.
Samo badanie wykonywane jest przy użyciu giętkiego kolonoskopu, który wprowadza się przez odbyt do jelita grubego.
Zabieg może być okresami bolesny: ewentualny ból należy zgłaszać lekarzowi w trakcie wykonywanego badania, jego znaczne nasilenie i stałe utrzymywanie się może być wskazaniem do przerwania badania.
Ból należy odróżnić od uczucia dyskomfortu wynikającego z podawania powietrza do światła jelita dla dokładnej oceny jego ścianek.
W trakcie sedacji prowadzonej przez specjalistę anestezjologa monitorowane są ważne parametry życiowe. Prowadzony jest stały pomiar saturacji i ciśnienia krwi oraz tętna.
Instrument służący do kolonoskopii przed każdym badaniem jest poddawany procesowi dezynfekcji wysokiego stopnia, w automatycznej myjni, z monitorowaniem elektronicznym całego procesu dezynfekcji, dlatego też zainfekowanie nie jest możliwe.
W razie potrzeby pobiera się ze zmian chorobowych wycinki do oceny histopatologicznej. Służą do tego celu sterylne kleszczyki biopsyjne.