Panendoskopia jest wykonywana w  przypadku, gdy na podstawie przeprowadzonego dotychczas badania lekarskiego (wywiady i badanie fizykalne) oraz ewentualnie badań dodatkowych (np. rentgenowskich) istnieje u Państwa podejrzenie choroby w obrębie przełyku, żołądka lub dwunastnicy.
Panendoskopia jest najskuteczniejszą metodą diagnostyczną oceniającą części przewodu pokarmowego. Dodatkowo w razie potrzeby istnieje możliwość pobrania wycinków celem stwierdzenia obecności bakterii Helicobacter pylorii, odpowiedzialnej za nawrotowość choroby wrzodowej oraz wycinków dla weryfikacji innych wykrytych patologii, co ma zasadnicze znaczenie dla wyboru późniejszej metody leczenia.
Brak obecnie innego badania o podobnych możliwościach diagnostycznych.