Badanie jest zwykle przeprowadzane w pozycji leżącej na lewym boku. Wcześniej należy usunąć ewentualne protezy zębowe.
Po miejscowym znieczuleniu gardła za pomocą lignokainy w areozolu, lekarz zakłada między szczęki plastikowy ustnik (dla ochrony delikatnego instrumentu).
Następnie wprowadza do jamy ustnej i gardła fiberoskop średnicy poniżej 1 cm, prosząc jednocześnie o wykonanie odruchu przełykania. Moment ten może być nieprzyjemny i dawać uczucie duszenia; wymaga współpracy pacjenta z lekarzem wykonującym badanie. Oglądanie wnętrza przewodu pokarmowego trwa zwykle kilka minut, jest w niewielkim stopniu nieprzyjemne, ale w zasadzie bezbolesne, podobnie, jak pobieranie wycinków.
Instrument służący do badania jest każdorazowo specjalnie dezynfekowany, dlatego zainfekowanie chorego w trakcie badania jest praktycznie niemożliwe. Wycinki błony śluzowej pobiera się sterylnymi szczypczykami, co również zabezpiecza przed zakażeniem.